AG Mathematische Systembiochemie

Die Arbeitsgruppe befindet sich im Institut für Biochemie an der Charité – Universitätsmedizin Berlin. Das Hauptziel unserer Forschung ist die Entwicklung von mathematischen Modellen, die Simulationen des dynamischen Verhaltens komplexer molekularer Reaktionssysteme, wie z. B. Metabolismus, Proteolyse und Antigen-Präsentation oder die Selbstorganisation zellulärer Organellen, erlauben. Zurzeit werden hauptsächlich Neurone und Hepatozyten untersucht.

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Forschungsschwerpunkt

Wir benutzen entweder kinetische Modelle, die auf deterministischen oder stochastischen Bewegungsgleichungen beruhen, oder Flussbilanzmethoden (Optimierung mit Nebenbedingungen). Die Methodenauswahl hängt von der Komplexität des untersuchten Reaktionsnetzwerkes oder von der Verfügbarkeit experimenteller Daten zu kinetischen Eigenschaften der zugrundeliegenden Enzyme und Transporter sowie der Transkript-, Protein- und Metabolit-Leveln, ab.

Unsere Arbeitsgruppe war an den nationalen Initiativen für Systembiologie "HepatoSys" (2004–2009) und "Virtual Liver" (2010–2015), die vom Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) gefördert wurden, beteiligt. Diese Arbeit führen wir innerhalb des neuen BMBF-Forschungsnetzes Systemmedizin der Leber – LiSyM fort.

Weitere Förderung erhalten wir über das DFG-Graduiertenkolleg 1772 "Computational Systems Biology" (CSB) und den BMBF-geförderten e:Bio-Innovationswettbewerb Systembiologie mit dem Verbundprojekt "HepatomaSys".