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DM.234.21a PhD-Student*in/Doktorand*in - Computergestützte Proteomik & Software

17.11.2021Forschung und WissenschaftBerufserfahrene

Bewerbungsfrist 15.12.2021

Institut für Biochemie — CCM

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Unternehmensbeschreibung

Die Charité – Universitätsmedizin Berlin ist eine gemeinsame Einrichtung der Freien Universität Berlin und der Humboldt-Universität zu Berlin. Sie hat als eines der größten Universitätsklinika Europas mit bedeutender Geschichte eine führende Rolle in Forschung, Lehre und Krankenversorgung inne. Aber auch als modernes Unternehmen mit Zertifizierungen im medizinischen, klinischen und im Management-Bereich tritt die Charité hervor.

Stellenbeschreibung

Einsatzgebiet

Die Charité – Universitätsmedizin Berlin ist eine der größten und forschungsintensivsten medizinischen Universitäten Europas. Diese Position teilen sich die Gruppe von Markus Ralser (Direktor Institut für Biochemie) und das neu gegründete Labor von Vadim Demichev (gefördert im Rahmen des National Research Node for Biomedical Mass spectrometry (MSCORESYS), BMBF) im Institut für Biochemie. Wir sind führend in der groß angelegten Proteomik und verwenden routinemäßig ultraschnelle Proteomik-Workflows (Analyse von mehr als 1000 Proben pro Woche pro Massenspektrometer), die wir in enger Zusammenarbeit mit Massenspektrometrie-Herstellern wie Bruker und Sciex sowie Wirkstoffforschungsunternehmen etabliert haben. Hier bietet sich die einzigartige Gelegenheit, an der Entwicklung unserer weltweit führenden Proteomic-Datenverarbeitungssoftware DIA-NN mitzuwirken und modernste Computeralgorithmen zur Analyse von Proteomik-Daten zu entwickeln.

Aufgabengebiet

  • Wir suchen eine*n hochmotivierte*n PhD-Student*in/Doktorand*in, um an modernsten Algorithmen zu arbeiten für:
  • die Rohdatenverarbeitung proteomischer Daten - auf der Grundlage von DIA-NN, um (i) neue Technologien wie Scanning SWATH und dia-PASEF sowie noch nicht veröffentlichte Entwicklungen zu unterstützen (in Kollaboration mit Bruker und Sciex), ( ii) neue DIA-MS-Workflows zu unterstützen, (iii) neue Methoden für die Phosphoproteomik und Ubiquitinomik zu ermöglichen;
  • Methoden zur statistischen Analyse und biologischen Interpretation groß angelegter proteomischer Daten.
  • Wir bieten:
  • den Zugang zu einer Vielzahl von hochmodernen Massenspektrometern, LC-Systemen und Liquid-Handling-Robotik von Sciex, Bruker, Thermo, Waters und Agilent, Beckmann und Perkin Elmer;
  • ein sehr zusammenarbeitendes Umfeld und die Möglichkeit, in engem Kontakt mit anderen Grundlagen- und klinischen Forschungsgruppen der Charité zu arbeiten;
  • ein Potenzial zur Leitung mehrerer Projekte und ein hohes Maß an akademischer Freiheit.
  • Wissenschaftlichen Mitarbeitern und Mitarbeiterinnen wird nach Maßgabe ihres Dienstverhältnisses ausreichend Zeit zu eigener wissenschaftlicher Arbeit gegeben.

Voraussetzungen

  • Essentiell:
  • MSc-Abschluss oder gleichwertig
  • Umfangreiche Erfahrung in der C/C++ Entwicklung
  • Sehr erwünscht:
  • Gute Kommunikationsfähigkeit für gemeinsames Arbeiten
  • Jeder der folgenden Punkte ist ein Plus:
  • Nachweisbare Erfahrung in der Implementierung komplexer Software in C/C++ (kann ein Hobbyprojekt sein)
  • Erfahrung in Deep-Learning-Modellen mit Pytorch/Tensorflow
  • Erfahrung im grafischem User Interface Design
  • Die Arbeitssprache ist Englisch. Auch Bewerber*innen mit multidisziplinärem Hintergrund oder ungewöhnlichen Karrierewegen werden ermutigt, sich zu bewerben.

Arbeitsbedingungen & Leistungen

Einstellungstermin

ab sofort

Beschäftigungsdauer

4 Jahre

Arbeitszeit

25,35 Wochenstunden

Vergütung

Entgeltgruppe 13 TVöD VKA-K; Die Eingruppierung erfolgt unter Berücksichtigung der Qualifikation und der persönlichen Voraussetzungen. Hier finden Sie unsere Tarifverträge www.charite.de/karriere/

Organisatorisches

Zusatzinformationen

Die Charité – Universitätsmedizin Berlin trifft ihre Personalentscheidungen nach Eignung, Befähigung und fachlicher Leistung. Die Charité strebt eine Erhöhung des Anteils von Frauen in Führungspositionen an und fordert Frauen daher nachdrücklich auf, sich zu bewerben. Bei gleichwertiger Qualifikation werden Frauen im Rahmen der rechtlichen Möglichkeiten vorrangig berücksichtigt. Bewerbungen von Menschen mit Migrationshintergrund, die die Einstellungsvoraussetzungen erfüllen, sind ausdrücklich erwünscht. Schwerbehinderte Bewerberinnen und Bewerber werden bei gleicher Qualifikation bevorzugt. Bei der Einstellung wird ein polizeiliches Führungszeugnis, teilweise ein erweitertes Führungszeugnis verlangt. Die Bewerbungsunterlagen können leider nur dann zurückgeschickt werden, wenn ein ausreichend frankierter Rückumschlag beigefügt ist. Eventuell anfallende Reisekosten können nicht erstattet werden.

Datenschutzhinweis

Die Charité weist darauf hin, dass im Rahmen und zu Zwecken des Bewerbungsverfahrens an verschiedenen Stellen in der Charité (z.B. Fachbereich, Personalvertretung, Personalabteilung) personenbezogene Daten gespeichert und verarbeitet werden. Weiterhin können die Daten innerhalb des Konzerns sowie an Stellen außerhalb (z.B. Behörden) zur Wahrung berechtigter Interessen übermittelt bzw. verarbeitet werden. Mit Ihrer Bewerbung stimmen Sie unseren Datenschutz- und Nutzungsbestimmungen für Bewerbungsverfahren, die Sie hier finden, zu.

Kennziffer

DM.234.21a

Bewerbungsfrist

15.12.2021

Bewerbungsanschrift

Bitte senden Sie sämtliche Bewerbungsunterlagen, wie z.B.
Anschreiben, Lebenslauf, Zeugnisse, Urkunden usw. unter
Angabe der Kennziffer an folgende Bewerberadresse:
Charité - Universitätsmedizin Berlin
Institute of Biochemistry
Campus Charité Mitte
Charitéplatz 1/Virchowweg 6
10117 Berlin

E-Mailadresse zum Einsenden der Bewerbungsunterlagen:
vadim.demichev@charite.de

Ansprechpartner für Nachfragen

Dr. VAK/Moskau Vadim Demichev
e-mail: vadim.demichev@charite.de

Arbeiten an der Charité


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